南京地铁经过南京11个地区，分别为(括号为地铁站个数)：雨花台区（33个）、建邺区（38个）、浦口区（66个）、江宁区（85个）、秦淮区（45个）、鼓楼区（51个）、玄武区（32个）、栖霞区（51个）、溧水区（10个）、六合区（13个）、高淳区（2个）。
南京地铁具体营运时间如下：
1、南京地铁1号线运营时间，起点站：迈皋桥 05:30-23:19 | 终点站：中国药科大学 05:47-23:27。
2、南京地铁2号线运营时间，起点站：油坊桥 06:00-23:00 | 终点站：经天路 06:00-23:00。
3、南京地铁3号线运营时间，起点站：林场 6:00-23:00 | 终点站：秣周东路 6:00-23:00。
4、南京地铁10号线运营时间，起点站：安德门 06:00-23:40 | 终点站：雨山路 05:40-23:00。
5、南京地铁S1号线(机场线)运营时间，起点站：南京南站 6:00-22:00 | 终点站：禄口机场 6:40-22:00。
6、南京地铁S8号线(宁天城际)运营时间，起点站：泰山新村 06:00-22:20 | 终点站：金牛湖 06:00-22:00。
7、南京地铁4号线运营时间，起点站：龙江 6:00-23:00 | 终点站：仙林湖 6:00-23:00。
8、南京地铁S3号线(宁和城际)运营时间，起点站：高家冲 06:00-22:00 | 终点站：南京南站 06:00-22:00。
9、南京地铁S9号线(宁高线)运营时间，起点站：翔宇路南 06:00-22:00 | 终点站：高淳 06:00-22:00。
| 线路 | 首班时间 | 末班时间 | 站数 | |
|---|---|---|---|---|
| 地铁10号线 | 安德门-雨山路 | 06:00 | 23:40 | 14 |
| 雨山路-安德门 | 05:40 | 23:00 | 14 | |
| 地铁1号线 | 中国药科大学-八卦洲大桥南 | 05:47 | 23:27 | 32 |
| 八卦洲大桥南-中国药科大学 | 05:30 | 23:08 | 32 | |
| 地铁2号线 | 鱼嘴-经天路 | 06:00 | 23:00 | 30 |
| 经天路-鱼嘴 | 06:00 | 23:00 | 30 | |
| 地铁3号线 | 林场-秣周东路 | 05:50 | 23:00 | 29 |
| 秣周东路-林场 | 05:40 | 23:10 | 29 | |
| 地铁4号线 | 仙林湖-龙江 | 06:00 | 23:00 | 18 |
| 龙江-仙林湖 | 06:00 | 23:00 | 18 | |
| 地铁S1号线 | 南京南站-空港新城江宁 | 06:00 | 22:40 | 9 |
| 空港新城江宁-南京南站 | 05:57 | 22:40 | 9 | |
| 地铁S3号线 | 南京南站-高家冲 | 06:00 | 22:00 | 19 |
| 高家冲-南京南站 | 06:00 | 22:00 | 19 | |
| 地铁S7号线 | 无想山-空港新城江宁 | 06:00 | 22:00 | 9 |
| 空港新城江宁-无想山 | 06:00 | 22:00 | 9 | |
| 地铁S8号线 | 长江大桥北-金牛湖 | 17 | ||
| 金牛湖-长江大桥北 | 06:00 | 22:00 | 19 | |
| 地铁S9号线 | 翔宇路南-高淳 | 06:00 | 22:00 | 6 |
| 高淳-翔宇路南 | 06:00 | 22:00 | 6 |
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